농지보전부담금 상한 ㎡당 5만원 — 공장 부지 실효 취득원가와 12개월 남은 창업기업 면제

2027년 8월 2일. 제조업 창업기업에 대한 16개 부담금 면제 제도의 유효기간이 끝나는 날짜입니다. 이 글을 쓰는 2026년 7월 31일 기준으로 12개월 남았습니다. 같은 시기, 다른 축에서 하나가 더 움직였습니다. 2026년 4월 30일 전국 지자체가 2026년 1월 1일 기준 개별공시지가를 결정·공시했습니다. 경주시는 40만 5,508필지를 대상으로 1.24% 상승을 공시했습니다. 전국 평균 2.89%, 경상북도 1.21%와 놓고 보면 경주는 도 평균을 소폭 웃돌되 전국 평균에는 크게 못 미칩니다. 이 두 사건은 서로 무관해 보입니다. 그런데 개별입지에 공장을 세우려는 사업자에게는 하나의 계산서로 합쳐집니다. 농지를 전용해 공장 부지로 바꿀 때 내는 농지보전부담금이 개별공시지가에 직접 연동되고, 그 부담금이 바로 창업기업 면제 대상 16개 항목 중 하나이기 때문입니다. 산업단지에 입주하면 이 계산은 대체로 분양가 안에 이미 녹아 있습니다. 개별입지를 선택하는 순간, 이 항목은 사업자가 직접 계산해야 하는 줄로 넘어옵니다. 산식 자체는 단순합니다. 다만 두 개의 서로 다른 논리가 겹쳐 있습니다.

📊 농지보전부담금 산정 구조 | 구분 | 기준 | 근거 | | 기본 산식 | 전용면적 × 단위면적당 금액 | 농지법 제38조 | | 농업진흥지역 안 | 개별공시지가 × 30% | 시행령 제53조 | | 농업진흥지역 밖 | 개별공시지가 × 20% | 시행령 제53조 | | 단위면적당 상한 | ㎡당 5만원 | 시행령 제53조 | | 납부 시점 | 농지전용허가·신고 전 납부 | 농지법 제38조 제4항 | | 부과 기준일 | 전용허가 신청일 (취득일 아님) | 농지법 제38조 |

💡 상한이 작동하기 시작하는 지점 상한 5만원을 각 요율로 나누면 임계 개별공시지가가 나옵니다. • 농업진흥지역 안: 5만원 ÷ 30% = **㎡당 16만 6,667원** • 농업진흥지역 밖: 5만원 ÷ 20% = **㎡당 25만원** 이 금액을 넘는 토지에서는 정률제가 사실상 정액제로 바뀝니다. 넘지 않는 토지에서는 상한이 없는 것과 같습니다. 여기에 하나가 더 붙습니다. ㎡당 5만원이라는 상한 금액은 2006년 이후 조정되지 않았습니다. 상한이 고정된 채 지가만 오르면, 상한 구간에 들어간 토지의 실효 부담률은 해가 갈수록 낮아집니다. 상한 아래 토지의 부담률은 20~30%로 그대로입니다. 아래는 전용면적 10,000㎡(약 3,025평)를 공통 전제로 한 비교입니다.

[자산 A·B: 경주 외곽 농지 10,000㎡ — 개별공시지가 ㎡당 6만원] • 토지 공시가액: 6억원 (A·B 동일) • A — 농업진흥지역 밖: 6만원 × 20% = 12,000원/㎡ (상한 5만원 미달) • A 부담금 총액: **1억 2,000만원** / 공시가액 대비 20.0% • B — 농업진흥지역 안: 6만원 × 30% = 18,000원/㎡ (상한 5만원 미달) • B 부담금 총액: **1억 8,000만원** / 공시가액 대비 30.0% • 같은 땅값, 같은 면적에서 진흥지역 해당 여부 한 줄이 만드는 차이: 6,000만원 • 두 경우 모두 상한이 덜어낸 금액은 0원입니다

[자산 C: 수도권 외곽 농지 10,000㎡ — 개별공시지가 ㎡당 35만원, 농업진흥지역 밖] • 토지 공시가액: 35억원 • 정률 계산값: 35만원 × 20% = 70,000원/㎡ → 상한 적용으로 50,000원/㎡ • 부담금 총액: **5억원** / 공시가액 대비 14.3% • 상한이 없었다면 7억원 — 상한이 2억원을 덜어냈습니다 • 절대 금액은 자산 A의 약 4.2배, 실효 부담률은 자산 A보다 5.7%p 낮습니다

여기까지가 계산입니다. 이제 해석의 영역으로 넘어갑니다. 절대 금액만 보면 자산 C가 가장 무겁습니다. 지가가 비싼 곳에서 더 많이 낸다는, 상식에 맞는 결과입니다. 그런데 토지 공시가액 대비 비율로 바꾸면 순서가 뒤집힙니다. 자산 B 30.0%, 자산 A 20.0%, 자산 C 14.3%. 상한이라는 장치의 혜택은 지가가 높은 토지에만 돌아가고, 지가가 낮은 토지는 그 혜택을 한 푼도 받지 못합니다. 이것을 "지방이 불리하다"고 단정하기는 어렵습니다. 자산 C의 사업자는 여전히 5억원을 냅니다. 조달해야 할 절대 자금은 비교가 되지 않습니다. 정확한 표현은 이쪽입니다 — **동일한 제도가 지역에 따라 서로 다른 실효 부담률로 작동한다**는 것. 그리고 그 격차는 상한 금액이 고정되어 있는 한 매년 조금씩 벌어집니다. 두 번째 결과도 있습니다. 상한 아래 구간에서는 개별공시지가 상승이 곧 농지전용 비용 상승입니다. 2026년 경주의 1.24% 상승은 부담금에도 그대로 1.24%만큼 반영됩니다. 상한 구간에 들어간 토지에서는 공시지가가 올라도 부담금이 움직이지 않습니다. 다만 이 숫자를 과대평가하지는 마십시오. 분모를 바꾸면 체감이 달라집니다. 위의 20.0%·30.0%·14.3%는 모두 **토지 공시가액 대비** 비율입니다. 공시가격 현실화율(53.6~69.0%)을 60%로 가정해 **추정 실거래가**를 분모로 바꾸면 자산 A는 약 11%, 자산 B는 약 15%, 자산 C는 약 8%가 됩니다. 무시할 크기는 아니지만, 개별입지 공장 사업에서 총사업비를 실제로 흔드는 것은 인허가 소요기간, 전력·용수 인입 비용, 토목 공사비, 건축비입니다. 농지보전부담금은 결정적 변수가 아니라 **간과되기 쉬운 변수**에 가깝습니다. 사업비 검토표에서 이 줄이 아예 빠져 있거나, 면제를 당연히 받는다고 전제한 채 0원으로 잡혀 있는 경우가 실무에서 반복됩니다.

📊 과세표준별 공시지가 영향 — 무엇이 직접 연동되는가 | 항목 | 과세표준 | 공시지가 영향 | | 취득세 | 실거래가 기준 | 간접 (실거래가 미신고 시 보조) | | 재산세 | 공시지가 × 공정시장가액비율(70%) | 직접 | | 종합부동산세 | 재산세와 동일 메커니즘 | 직접 | | 양도소득세 | 실거래가 기준 | 간접 (의제 취득가액 산정 시 일부) | | 농지보전부담금 | 개별공시지가 × 20~30%, ㎡당 5만원 상한 | 직접 | | 담보평가 | 공시지가·실거래가·시장조사 종합 | 보조 변수 |

농지보전부담금이 이 표에서 갖는 위치가 특이합니다. 재산세·종합부동산세와 마찬가지로 공시지가에 직접 연동되지만, 그 둘과 달리 **매년 반복되는 보유 비용이 아니라 전용 시점에 한 번 발생하는 취득 단계 비용**입니다. 부담이 한 시점에 몰리는 만큼, 그 시점을 언제로 잡느냐가 곧 자금 계획의 문제가 됩니다. 이상은 가치평가에 4개 방법론을 교차 적용하고 수익환원법·DCF 40%, 거래사례비교법 25%, 원가법·대체비용 25%, 잔여가치법 10%의 가중치를 둡니다. 이 항목이 결정적으로 작동하는 자리는 **원가법·대체비용(25%)**입니다. 개별입지 부지의 대체비용은 토지 매입가만으로 계산되지 않습니다. 농지보전부담금, 토목·성토 공사비, 전력·용수 인입비, 진입도로 개설비, 인허가 용역비, 그리고 준공 단계의 개발부담금까지 얹어야 "이 땅을 공장이 들어설 수 있는 상태로 만드는 데 드는 총액"이 나옵니다. 그 총액이 나와야 비로소 산업단지 분양가와 같은 선에서 비교할 수 있습니다. 여기서 한 가지 주의할 점이 있습니다. 산업단지 분양가에는 시행자 단계에서 발생한 각종 부담금이 이미 원가에 반영되어 있는 경우가 많습니다. 개별입지 쪽에만 부담금을 더하고 산단 분양가를 액면 그대로 놓으면 이중계산이 됩니다. 비교할 때는 양쪽 모두 "부지 조성 완료 상태 기준"으로 맞춰야 합니다. 거래사례비교법(25%)에서는 이 항목이 거의 잡히지 않습니다. 인근 공장용지 실거래가에는 이미 전용이 끝난 토지의 가격이 반영되어 있기 때문입니다. 농지 상태의 실거래가와 전용 완료 공장용지의 실거래가 사이 격차 안에 부담금이 숨어 있습니다.

그렇다면 면제는 어떻게 되는가. 「중소기업창업 지원법」은 사업계획 승인을 받은 창업자에 대해 사업을 개시한 날부터 7년 동안 16개 부담금을 면제하도록 정하고 있습니다. 농지보전부담금이 이 16개에 포함되고, 전력산업기반부담금 등도 함께 들어갑니다. 면제 항목은 2019년에 12개에서 16개로 확대되면서 교통유발부담금, 지하수이용부담금 등이 추가됐습니다. 제도의 유효기간은 2027년 8월 2일까지입니다. 2007년부터 시행되어 온 제도이고, 가장 최근에는 2022년 10월 개정으로 일몰 기한이 5년 연장되어 지금의 날짜가 됐습니다. 규모를 숫자로 보면 이렇습니다. 중소벤처기업부에 따르면 2017년부터 2021년까지 5년간 제조업 창업기업 1만 376곳이 16개 부담금 332억원을 면제받았습니다. 단순 평균하면 기업당 약 320만원입니다. 평균값이 생각보다 작다는 점이 오히려 정보입니다. 수혜의 대부분은 소규모 건이고, 앞선 자산 A(1억 2,000만원)나 자산 B(1억 8,000만원) 같은 대형 전용 건은 평균에 묻혀 있는 소수라는 뜻입니다. 즉 이 제도의 실익은 기업별 편차가 매우 큽니다. 여기서 양쪽으로 조심할 것이 있습니다. 한편으로 **제도의 유효기간**과 **개별 기업의 면제 기간 7년**은 다른 개념입니다. 유효기간 종료가 이미 면제를 받고 있던 기업의 잔여 기간을 소급해 박탈한다는 의미로 곧장 이어지지는 않습니다. 다른 한편으로, 과거 연장 실적이 있으니 또 연장될 것이라는 기대도 확정된 근거는 아닙니다. 연장 여부는 2027년 상반기 입법 상황에 달려 있고, 현재 문언상 확정된 것은 2027년 8월 2일까지라는 사실뿐입니다. 지금 판단할 것은 연장 여부에 대한 베팅이 아니라 **자사가 대상에 해당하는지, 언제까지 요건을 갖출 수 있는지**입니다. 기존 기업의 단순 증설·이전은 원칙적으로 창업에 해당하지 않습니다. 보수적 안전마진의 관점에서는, 면제가 확정되기 전까지 사업비 검토표에 부담금 전액을 그대로 남겨두는 것이 맞습니다.

덜 알려진 실무 장치가 두 개 더 있습니다. **분할납부.** 농지보전부담금은 원칙적으로 농지전용허가·신고 전에 납부해야 합니다. 그러나 농지법은 일정 요건에서 분할납부를 허용하고, 그 대상에 공공기관·지방공기업의 산업단지 시설용지 전용, 도시개발사업 시행자, 관광시설개발사업자와 함께 **중소기업 공장용지 전용**이 포함됩니다. 금액 요건은 부담금이 개인 2,000만원, 개인 외 4,000만원 이상인 경우입니다. 이때 30%를 선납하고 잔액을 4년 범위에서 나누어 내되, 최종 납부일은 목적사업 준공일 이전이어야 합니다. 국가·지자체·공공기관이 아니면 납입보증보험증서 등의 예치가 필요합니다 (농지법 제38조 제2항, 시행령 제50조). 앞선 전제를 대입하면 임계 규모가 나옵니다. 법인 기준 4,000만원을 채우려면 자산 A 조건(㎡당 12,000원)에서 약 3,334㎡(약 1,009평), 자산 B 조건(㎡당 18,000원)에서 약 2,223㎡(약 673평)입니다. 경주 외곽에서 1,000평 안팎의 농지를 전용하는 사업이라면 대체로 분할납부 사정권에 들어옵니다. 준공 시점까지 4년에 나누어 내는 것과 허가 전에 일시 납부하는 것은 자금 계획상 전혀 다른 문제입니다. **농업진흥지역 판정.** 30%와 20%를 가르는 이 구분은 용도지역과 별개입니다. 농업진흥지역은 시·도지사가 농지법에 따라 별도로 지정·고시하며, 농업진흥구역과 농업보호구역으로 나뉩니다. 계획관리지역이라고 해서 자동으로 진흥지역 밖인 것이 아닙니다. 필지별 해당 여부는 토지이용계획확인원 또는 농지공간포털(njy.mafra.go.kr)에서 확인하고, 경계에 걸친 필지는 관할 시·군에 직접 조회하는 것이 원칙입니다. 10,000㎡ 기준으로 이 한 줄의 차이가 6,000만원입니다. 감면 규정도 별도로 존재합니다. 농지법 시행령 별표2가 감면 대상과 감면비율을 정하고 있고 산업·공장 관련 항목이 포함되어 있으나 요건과 비율이 항목마다 다릅니다. 자사 사업이 어느 항목에 해당하는지는 전용 신청 전 관할 부서 확인이 필요합니다.

경주의 산업용 부동산을 하나의 시장으로 묶으면 이 논점은 보이지 않습니다. 5개 부분 시장은 서로 다른 시간표와 서로 다른 제도 위에 있습니다. **외동산단 일대** — 노후 16개 산단이 집중된 구역입니다. 산업단지 내 용지를 분양받거나 매입하는 경우 농지전용 문제는 발생하지 않습니다. 다만 산단 경계 밖 인접 필지를 추가 확보해 확장하려는 경우에는 그대로 걸립니다. **안강 RE100 e-모빌리티 산업단지** — 조성 사업 자체는 시행자 단계에서 처리됩니다. 그러나 산단 배후·주변 개별입지를 노리는 협력업체 수요에는 직접 적용됩니다. 산단 조성이 진행되면 주변 농지의 개별공시지가가 오르고, 상한 아래 구간에 있는 한 부담금도 같은 비율로 따라 오릅니다. **문무대왕면 SMR 국가산단** — 2030년 완공 목표의 장기 사업입니다. 배후 개별입지 부지를 선점하려는 검토가 이 논점의 전형적인 대상입니다. 다만 선점 시점과 전용 시점 사이 간격이 길수록 산정 기준이 달라집니다. 부담금은 취득 시점이 아니라 **전용허가 신청 시점의 개별공시지가**로 계산되기 때문입니다. **신경주역 KTX 주변** — 물류·통근 거점 수요가 있는 구역으로, 개별입지 검토가 활발한 만큼 직접 대상입니다. **경주 시내 상업·주거** — 농지 비중이 낮아 상대적으로 무관합니다. 미분양 1,366세대가 남아 있는 주거 시장과 산업용 부지 논의는 분리해서 봐야 합니다. 경주에서는 여기에 하나가 더 얹힙니다. 매장문화재입니다. 문화재 보호구역이 광범위하고 지표조사에서 시굴·정밀발굴로 이어질 경우 6~24개월이 소요될 수 있습니다. 부담금은 조회로 확정되는 금액이지만, 문화재 조사는 전용 일정 전체를 좌우하는 변수입니다. 두 항목의 성격이 다르다는 점을 혼동하지 않아야 합니다. 또한 2026년에는 농지법 시행 이후 취득한 농지를 대상으로 한 전수조사가 기본조사 5~7월, 심층조사 8~12월 일정으로 진행 중입니다. 공장 부지 목적으로 농지를 미리 확보해 두었으나 아직 전용하지 않은 상태라면, 농지 소유 적격성 측면의 확인이 필요한 시기입니다.

▶ 농지를 공장 부지로 검토할 때의 확인 순서 □ 대상 필지의 2026년 개별공시지가 조회 (부동산공시가격알리미 realtyprice.kr) □ 농업진흥지역 해당 여부 및 구역 구분 확인 (토지이용계획확인원, 농지공간포털 njy.mafra.go.kr) □ 진흥지역 안 30% / 밖 20%를 적용해 단위면적당 금액 산출 □ 산출값이 ㎡당 5만원을 넘는지 확인 (임계 공시지가: 안 16만 6,667원 / 밖 25만원) □ 전용 예정 면적을 곱해 부담금 총액 확정 □ 부과 기준일이 전용허가 신청일이라는 점을 일정에 반영 (선점 후 지연 시 공시지가 변동분 반영) □ 토지 매입가 + 부담금 + 토목 + 인프라 인입 + 인허가 용역비 + 준공 단계 개발부담금 합산 □ 합산액을 산업단지 분양가와 "부지 조성 완료 상태" 동일 기준으로 비교 (이중계산 주의) □ 매장문화재 지표조사 필요 여부 확인 — 경주 지역 필수, 조사 기간이 전용 일정 전체를 좌우

▶ 면제·감면·분할납부 자격 확인 □ 자사가 「중소기업창업 지원법」상 창업기업 요건에 해당하는지 (제조업, 창업 후 7년 이내) □ 사업계획 승인이 요건이며, 승인 없이는 면제가 적용되지 않는다는 점 확인 □ 2027년 8월 2일 유효기간 만료 전 요건 충족이 가능한 일정인지 역산 □ 기존 기업의 증설·이전은 원칙적으로 창업에 해당하지 않는다는 점 확인 □ 농지법 시행령 별표2의 감면 항목 중 해당되는 것이 있는지 관할 시·군 농지 담당 부서에 조회 □ 부담금이 법인 4,000만원(개인 2,000만원) 이상이면 분할납부 신청 가능 여부 확인 □ 분할납부 시 30% 선납 + 잔액 4년 범위, 최종 납부일 준공일 이전 조건을 자금 계획에 반영 □ 납입보증보험증서 등 예치 요건 및 발급 소요기간 확인

같은 규정이 시장 참여자마다 다르게 읽힙니다. **개별입지를 검토하는 매입자**에게 이 금액은 협상 대상이 아닙니다. 법정 산식으로 정해지고 전용허가 전에 납부해야 합니다. 매도 호가에 이 금액을 더한 값이 실제 취득원가이고, 그 값이 부지 조성 완료 기준 산업단지 분양가를 넘어서면 개별입지의 가격 우위는 사라집니다. **농지를 보유한 매도자**에게는 반대로 작용합니다. 매수자가 부담금을 계산에 넣기 시작하면 그만큼이 호가를 누르는 압력으로 돌아옵니다. 특히 농업진흥지역 안 필지는 인접한 진흥지역 밖 필지보다 매수자 원가가 ㎡당 6,000원(공시지가 6만원 기준)만큼 높습니다. 시세가 아니라 제도가 만드는 가격 차이입니다. **이미 공장을 운영 중인 제조기업**이 인접 농지를 추가 전용하는 경우, 창업기업 면제는 대체로 적용 밖입니다. 다만 분할납부 요건은 창업 여부와 무관하므로 자금 계획상의 여지는 남아 있습니다. 이 항목에는 다른 비용 항목에 없는 성질이 하나 있습니다. **지금, 조회만으로 확정할 수 있다**는 것입니다. 건축비는 시점에 따라 움직이고, 인허가 기간은 협의 결과에 따라 달라지며, 임차인 확보는 시장이 결정합니다. 반면 부담금은 필지의 개별공시지가와 농업진흥지역 해당 여부, 두 가지만 확인하면 오늘 계산이 끝납니다. 불확실한 항목이 가득한 검토표에서 확정 가능한 줄을 비워두는 것은 선택이 아니라 누락입니다. 데이터는 가설을 세우는 도구이고, 가설은 현장과 시장이 검증합니다. 개별공시지가와 진흥지역 고시는 가설을 세워줍니다. 그 필지에 실제로 공장이 들어설 수 있는지, 진입로와 전력은 어디까지 와 있는지, 인근에서 최근 전용 허가가 어떤 조건으로 났는지는 현장이 답합니다. 조회로 끝나는 계산과 발로 확인해야 하는 조건을 섞지 않는 것 — 그것이 이 항목을 다루는 방식입니다.